Subcarpetas en el repository git

En general, mi pregunta es cuál es la mejor manera de mantener las carpetas de proyecto mupltiple en el repository git y poder alojarlas en heroku, etc.

Digamos que tengo un repository de git con la carpeta php y la subcarpeta project1, project2, etc.

¿O tal vez no vale la pena hacerlo y crear un nuevo repository sería una mejor manera?