SourceTree quiere enviar files inalterados

Actualmente estoy trabajando en un proyecto de php que sincronizo con un repository git de vez en cuando. Para ponerlo en mi repository, lo estoy sacando del server que lo ejecuta a través de FTP en mi PC.

Esto funcionó bien hasta el momento, pero ahora SourceTree quiere volver a comprometer todos los files, ya sea que hayan cambiado o no. Esto se ve como sigue para un file intacto:

enter image description here

Como soy bastante novato en lo que respecta a git, no tengo idea de dónde viene esto y cómo puedo solucionarlo. Dado que no muestra ningún cambio dentro del file, supongo que esto podría estar conectado a los metadatos del file.

Desde mi última synchronization, actualicé mi FileZilla y el server pasó de Windows a Debian. ¿Podría esto causar algunos problemas aquí?

Restablecí mi twig actual al último compromiso, copié los nuevos files en mi copy local y ahora todo funciona bien. ¿Podría haber sido un error en SourceTree?

La encoding no cambió, las copys de security del server de Windows también fueron UTF-8, lo mismo que los files actuales.