Sincronizando el directory .git en pycharm

Estoy desarrollando con pycharm localmente en mi máquina con Windows 10. y tener una máquina de VM invitada con ubuntu que contenga mi server de implementación remota. Estoy usando SFTP para sincronizar entre los dos entornos. Mi problema es que parece que pycharm usa un git local basado en Windows para administrar localmente las operaciones de git. así que parece que hay dos directorys .git separados, uno local y uno remoto.

Mi pregunta es, ¿qué pasa si hago algunas cosas en la máquina remota como "git checkout otherbranch" o cualquier otra operación de confirmación que se realiza de forma remota y manual. me gustaría que el control remoto y el .git local estén siempre sincronizados.

ahora sé que no se está sincronizando debido a esta configuration:

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Y me he estado preguntando si eliminar el directory ".git" es una práctica mala / peligrosa. De ser así, ¿cuál sería la mejor manera de lograr mi objective?

¡Cualquier ayuda es muy apreciada!