Empujé la salida html de mi código de rmarkdown a github con
output: html_document: keep_md: true
que me dio el resultado que quería, sin embargo, ninguno de los comentarios que se escribieron en LaTeX se muestran en su forma natural. No estoy seguro si esto es posible, pero solo tengo curiosidad si hay una forma de evitarlo. ¡Gracias!
GFM no incluye soporte LaTeX.