Resincronizar un file MAKE desde un submodule git actualizado?

Tengo (con suerte) una pregunta de git relativamente simple, pero soy un git novato y no entiendo todo el vocabulario.

Estoy intentando actualizar R2D3 a la última versión de D3.js. El propietario del repository ha dicho que los pasos son los siguientes:

  1. Apunte el submodule D3 a la label v3.0.6 (última).
  2. Resincronice el file MAKE para include cualquier file adicional que se haya agregado / eliminado
  3. Ejecute testings para asegurarse de que no haya regresión.

Sé cómo hacer los puntos 1 y 3, y he actualizado el submodule. ¡El problema es que no sé qué significa "resync makefile" en el punto 2!

Puedo ver que hay un file MAKE en el núcleo del repository. Antes de actualizar el submodule se ejecutaba bien, y ahora si ejecuto make ahora obtengo el siguiente error:

 No rule to make target lib/d3/src/core/this.js, needed by r2d3.core.js. Stop. 

Entonces algo claramente necesita ser actualizado, pero ¿cómo sincronizo el file MAKE y de dónde? ¿Esto solo significa 'editarlo para que coincida con el nuevo file M3 D3'?

Actualicé R2D3 para señalar la última versión de D3. Por favor revisa v0.1.0

FYI: la resynchronization del file MAKE significa tomar el último file MAKE de D3 v3 y cambiar los modules parcheados. Puede ver lo que quiero decir con esto comparando el file M3 D3 con uno en R2D3.