¿Qué depende de la variable HOME en EGit?

Si la variable del entorno doméstico no está configurada, EGit muestra un post como este

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No quiero configurar mi variable HOME pero quiero que Git almacene sus datos en un directory especial.

Establecí la Default repository folder en las tabs de configuration de Git en Eclipse.

¿Qué otras cosas entrarán en HOME por defecto en tal situación?

No pienses que hay algo más. (También configuré la 'carpeta de repository pnetworkingeterminada' en las preferences de EGit)