Problemas de clonación de proyectos con Cygwin's Git

Cuando trato de clonar proyectos usando Cygwin's Git 2.7.0, tengo algunos problemas relacionados con los permissions. Esto es, cada vez que bash ejecutar uno de los ejecutables del proyecto clonado recibo el siguiente error:

Windows no puede acceder al dispositivo, ruta o file especificado. Es posible que no tenga los permissions adecuados para acceder al elemento.

Si en cambio utilizo Cygwin's Git, el incluido en Attlasian SourceTree, los proyectos se clonarán "correctamente" y no tendré ningún problema. A continuación, menciono las configuraciones globales de ambos Git:

Cygwin's Git (2.7.0):

user.email=foo@foo.com user.name=foo alias.default=!git add -A && git commit -m 'default commit' core.filemode=false core.autocrlf=true 

Git de SourceTree (versión de Git 1.9.5.msysgit.0):

 user.name=foo user.email=foo@foo.com core.autocrlf=true core.filemode=false 

¿Cómo puedo configurar Cygwin's Git (u otras cosas) correctamente para evitar tener tales problemas de permissions?