¿Por qué obtengo files sin seguimiento después de un git pull (los files se movieron en el control remoto)?

Ejecutar un git pull creó algunos files sin seguimiento en mi copy local. Los files se movieron en el control remoto, pero la extracción no eliminó los files en mi directory de trabajo. He pasado bastante time investigando esto, pero no puedo encontrar casos similares. ¿Es este comportamiento intencionado, me estoy perdiendo algo, o ambos?

Fondo

Hice un parche y se lo envié a los desarrolladores de un proyecto de código abierto, pero luego quise eliminar mi confirmación local y git pull el parche "oficial" una vez que se cometió en el control remoto. Así que hice un montón de "cosas" para restablecer al HEAD oficial anterior. "Cosas" significa cosas como git checkout -- <file> , git reset HEAD^ , y otros commands que no puedo recordar ya que soy nuevo en git y estoy tratando de investigar las mejores prácticas.

En cualquier caso, después de que finalmente "deshice" mi compromiso e hice un git pull , obtuve 66 commits de cambios, incluyendo mi parche, y todo se veía genial. Pero luego el git status mostró que dos files no fueron rastreados. Hice un gitk <untracked_file1> y vi que alnetworkingedor de 20 confirmaciones, el file se movió a otro directory. El file ahora existe en la nueva location, pero en lugar de eliminar el file anterior, aparece como no rastreado.

Intenté hacer un restablecimiento completo siguiendo estas instrucciones , pero los files no se siguen. Puedo hacer un git clean -f para eliminarlos, pero me pregunto por qué los files no se eliminan automáticamente.