¿Por qué la clonación de un repository remoto con el complemento EGit desde dentro de eclipse da como resultado dos repositorys locales?

Al importar un proyecto remoto desde eclipse por EGit-Plugin, primero me pregunta por una url y luego por una ruta donde el repository debe ser clonado.

1. El espacio de trabajo de mi eclipse se encuentra en /home/me/Development/eclipse/workspace .
2. Le dije a EGit que clonara el repository remoto en /home/me/Repositories/git/myproject .

Noté que eclipse clonó el repository en 1 y 2.

Hice un pequeño cambio dentro del eclipse y me di count de que solo el repository local en 2 se ve afectado. El repository local en el espacio de trabajo (1) no se ve afectado.

¿He extraconfigurado mi IDE de alguna manera o es esto intencional?