¿Por qué Git Merge dice que dos sucursales están actualizadas?

Tenemos una aplicación web MVC5 y estoy confundido por qué git me dice que 2 sucursales están actualizadas.

Las dos twigs son master y feature1 . Cuando estoy en feature1 y hago git merge master obtengo

Already up-to-date.

Esto no tiene sentido ya que las twigs no son lo mismo.

Hemos comprobado con Beyond Compare y hay varios files que son diferentes, tomando uno como ejemplo feature1 tiene un file donde una línea está comentada, en master la misma línea no está comentada.

He comprobado que mi repository local tiene el mismo que el control remoto (es).

¿Por qué me está diciendo git que estas twigs son iguales cuando tienen diferencias?

Hacer una fusión no significa que las twigs se convertirán en lo mismo. Es solo que los nuevos cambios de la twig diferente se fusionarán en la twig existente.

Si tiene una línea comentada en la twig feature1 y, por supuesto, se realizó después de sacarla del master, la fusión de master no eliminará ese comentario.

git merge no significa que tus twigs serán las mismas.

En su caso si feature1 originó de master y si ha realizado algunos cambios al código en feature1 branch, estas twigs serán diferentes, pero git merge le mostrará que todo está actualizado, porque todo el código de master ya está en feature1 branch y no hay nada para actualizar.

Hubiera sido una historia diferente si intentas fusionar feature1 en master .