¿Por qué Eclipse elimina los directorys de CVS de mi repository clonado de Git?

Tengo un repository de Git que aún contiene CVS / directorys antiguos. Cuando creo mi clon local de este repository y creo un proyecto de Eclipse apuntando a mi clon, Eclipse (Kepler SR2) muestra todos los CVS / directorys como eliminados. También aparecen en la list Cambios no registrados en la perspectiva de Git.

Si hago un 'estado de git' en la línea de command, no muestra ningún file modificado. Necesito esos viejos CVS / directorys para estar todavía allí. Entonces, ¿por qué Eclipse está haciendo esto y cómo lo detengo?