No se puede download un file

Estoy usando la siguiente versión de git: git version 2.13.3.windows.1

En uno de los repos no puedo acceder a un file ( foo ) modificado (estas no son mis modificaciones y no sé cómo se introdujeron). Me referí No se pueden download los files modificados , pero la solución no funcionó para mí. Así que ayer, después de intentar durante un par de horas, me rendí y borré el repository y lo cloné.

Después de presentar mis cambios, cuando estaba a punto de comprometerme, el file que modifiqué no aparece como modificado en el git status . Pero foo muestra como siendo modificado.

Modifiqué un file fuente de otro repository para probar si este problema existe en diferentes repositorys. Pero allí todo funciona como debería. Comparé el file de config en su carpeta .git con el del repository problemático y los contenidos son idénticos. Aunque no tiene autocrlf = false added, el problema no aparece.

¿Que está pasando aqui? ¿Cómo puedo arreglar esto?

Editar 1:

@Ben No, no lo es. Se me pasó por la cabeza y me aseguré de seguir adelante y comprobar el .gitignore.

Editar 2:

Facepalm. Estaba en el directory equivocado. De todos modos, todavía no puedo pagar foo . Eliminé el repository dos veces. Y cada vez que lo clono y ejecuto el git status , foo aparece como modificado.

@ sp1nakr La ruta absoluta a foo consta de 105 caracteres. Hay más de 1000 files en la carpeta, pero solo foo aparece como modificado.

@mayu La diferencia muestra comentarios modificados, algunos methods eliminados, nuevos methods, annotations modificadas.