Mis carpetas git locales están llenas de files. ¿Por qué están vacíos en github?

Mis carpetas locales de mi repository de git están llenas de files de Python. ¿Por qué están vacíos en github y cómo puedo solucionarlo?

Repo

mother_devices y mother_main deberían estar llenos de files, ya que están en mi máquina local. git lee el estado:

On branch master nothing to commit, working directory clean 

Ubuntu 15.04 con el último github. Cualquier consejo sería maravilloso.