Mantener actualizado un proyecto de Codeigniter con Git

Estoy trabajando en un proyecto de Codeigniter y me gustaría mantener la carpeta del sistema y la configuration en la carpeta de la aplicación actualizada, pero no estoy familiarizado con Git y no sé lo que tengo que hacer.

El proyecto Codeigniter está estructurado de esta manera:

/application - /config /system /index.php 

Pensé que podría simplemente replace la carpeta del sistema pero también depende de algunas actualizaciones de los files de configuration en la aplicación. Guardo todo mi proyecto en la carpeta de la aplicación.

Tengo algunas cosas personalizadas en mis files de configuration, por lo que podría tomar mucho time hacerlo a mano.

¿Alguien me puede explicar que tengo 5 años para empezar?

La ruta completa al proyecto es C:\xampp\htdocs\MYSITE\system

El repository de Codeigniter está en https://github.com/EllisLab/CodeIgniter

Encontré este tutorial increíblemente fácil de seguir y usar. Mis repositorys funcionan perfectamente a pesar de que están usando CodeIgniter.

http://toroid.org/ams/git-website-howto