Los files aparecen sin estar configurados incluso después de confirmar en Sourcetree

Así que estoy teniendo cierta confusión al entender por qué tengo files que aparecen como no grabados, aunque acabo de hacer una confirmación y presioné. Proporcionaría una image pero no explicaría el problema.

En pocas palabras, creo que mi compañero organizó correctamente todos los files antes de comprometerse por primera vez (espero). Pero ahora estoy viendo (en Sourcetree) una enorme list de "files sin escena" incluso después de organizar todos los files y confirmarlos. He intentado ejecutar git add -A para agregar todos los files y confirmar, pero los files todavía aparecen como no configurados en Sourcetree. Cada vez que git ls-files , creo que estoy viendo los files que existen en la sección no configurada de Sourcetree, pero no estoy del todo seguro. ¿Que está pasando aqui?