La encoding Github rompe las fonts incrustadas en pdf

Estoy usando doxygen con MiKTex y ghostscript para crear documentos PDF. El git de este PDF se envió a mi repository github. Sin embargo, si posteriormente se vuelven a bajar (por ejemplo, en una PC diferente) no se abren correctamente, ya que Adobe advierte que no podría extraer correctamente las fonts incrustadas.

He descubierto que esto puede deberse a la transferencia de GitHub, ya que el problema no ocurre si simplemente transfiero los PDF en cuestión a través de una llave USB, etc. La información de los foros de Adobe parece indicar que esto podría deberse a que los files PDF se codificaron erróneamente. como ASCII cuando debería ser binary.

¿Cómo puedo solucionar esto para que los PDF se abran correctamente cuando se extraen del repository de GitHub? Actualmente mi IDE (eclipse) establece la encoding de los files PDF como UTF-8, ¿debería cambiar esto?

Después de algunas testings con la gente de github, parece que este problema se debe a que Eclipse cambió la encoding del PDF en algún momento durante la confirmación o inserción por algún motivo.

Usar un nuevo repository con GitHub para Windows o Git Bash no presentó tales problemas.