La actualización de Homebrew falla: "Por favor, confirme sus cambios o guárdelos antes de que pueda fusionarse"

Estoy corriendo:

brew update 

Y me sale un error:

 error: Your local changes to the following files would be overwritten by merge: samtools.rb Please, commit your changes or stash them before you can merge. Aborting 

Resulta que este es un error bien conocido. De hecho, se menciona en la wiki de Homebrew :

 After running brew update, you receive a git error warning about untracked files or local changes that would be overwritten by a checkout or merge, followed by a list of files inside your Homebrew installation. This is caused by an old bug in in the update code that has long since been fixed. However, the nature of the bug requires that you do the following: cd $(brew --repository) git reset --hard FETCH_HEAD If brew doctor still complains about uncommitted modifications, also run this command: cd $(brew --repository)/Library git clean -fd 

Seguí esas instrucciones y sigo viendo el mismo error. ¿Qué está mal?

Pude resolver el problema yo mismo.

Lo que me alertó es que el estado "git" no muestra ese file.

En lugar de usar la solución común:

 cd $(brew --repository) git reset --hard FETCH_HEAD 

Tenía que hacer:

 cd [directory of the file in question] git reset --hard FETCH_HEAD 

Eso resolvió el problema.

Esto me lo arregló:

http://sofes.miximages.com/a/20138806

 cd `brew --prefix` git fetch origin git reset --hard origin/master 

Tuve este problema después de corregir manualmente una URL en la fórmula numpy. Pude corregir esto más tarde al:

 cd /usr/local/Library/Taps/homebrew/homebrew-python git checkout -- numpy.rb brew update