Github, sharepoint y files de configuration. Obtener una vez o cuando la estructura cambia

Tenemos un proyecto en ASP.NET que se conecta a Sharepoint. Estamos usando Github como un sistema de control de fuente. Hasta ahora, solo había un desarrollador en el proyecto, así que todo fue fácil. Ahora, agregamos un segundo desarrollador. El caso es que Sharepoint usa una UserKey para identificar cada estación. Almacenamos esa key en el file web.config, pero ahora si el segundo desarrollador establece su key, debe ignorar el file cada vez que se compromete, lo que se convierte en un dolor en el time. Y si agregamos el file web.config al .gitignore, no obtendrá los cambios si agregamos un nuevo appsetting o actualizamos references o cualquier otra cosa en la estructura.

Mi pregunta es: ¿hay alguna manera de decirle a Github que ignore un file o detecte cambios en function de la estructura o el contenido? Si no, ¿hay alguna manera de que podamos manejar esta situación más fácilmente?

Muchas gracias