Github no reconoce CNAME

Agregué un file CNAME a mi repository, y bajo mi configuration, no actualizó el dominio. Todavía dice

Your site is published at http://username.github.io/repo 

En lugar de

 Your site is published at www.domain.com 

He configurado mi configuration con namecheap, y me lleva a "No hay un sitio de GitHub Pages aquí". Por lo tanto, está siendo asociado con github a través de mi configuration de DNS, pero github no parece estar recogiendo el hecho de que hay un file CNAME dentro del repository.