Git stash apply deja una cadena adicional en los files

Tengo un proyecto de Android Sstudio que tiene activado git .
git funciona bien pero hace algo mal en git stash apply .
Eso agrega estas líneas en files modificados:
======= , >>>>>>> Stashed changes <<<<<<< Updated upstream , <<<<<<< Updated upstream
y corrompe el proyecto.
No se que hacer. Por favor ayuda.

Eso significa que tienes un conflicto en tus cambios escondidos vs. el último upstream. Cuando aplicó el alijo, debería haber visto un error sobre un conflicto de fusión. Tendrás que editar manualmente los files para resolver el conflicto, luego deberías poder buildlos.