Git pull on local no elimina files ya eliminados

Tengo un par de counts de usuario diferentes. Todos ellos extraen del mismo repository github.
Algunos files se eliminan en un commit de git y se fusionan en master.

Por alguna razón, bajo un usuario, "git pull" no sincroniza el file eliminado. Obtiene otros cambios de la misma confirmación, pero no elimina los files locales que ya se eliminaron en el master remoto.

Git funciona bien en mis otras counts de usuario, pero solo se comporta de forma extraña con este en particular. ¿Puede alguien decirme por qué?
¿Es un problema de permiso que git no tenga permiso para eliminar files en esta carpeta? Si es así, ¿cómo lo confirmo?

La primera testing sería volver a clonar ese repository de la estación de trabajo del usuario problemático.

Compruebe si el contenido es correcto y considere trabajar desde ese nuevo clon (después de mover el clon anterior y cambiar el nombre de la carpeta raíz del nuevo clon, si no desea cambiar la ruta).

Tal vez algunos files del clon antiguo fueron reemplazados por un progtwig en ejecución y no pudieron ser eliminados.

El OP Stella agrega en los comentarios :

La count de usuario problemática es mi count de implementación.
Mi mente se sorprendió de que alguien borrara toda una carpeta en mi repository, pero mi código seguía funcionando normalmente. Entonces me di count de que git pull borró los files .py , pero como los files .pyc fueron ignorados, todavía están debajo de esa carpeta y estaban soportando el rest del código como solía ser.
Como nadie usa esa count de usuario para ejecutar el código de testing, los files .pyc nunca se actualizaron.