git mostrando todos los files chmod a 100644 desde 100755

Hoy traté de instalar tmux en cygwin y luego, de repente, recibí cambios en todos mis files. Todos cambiaron los permissions de 100755 a 100644 de la nada y no tengo forma de deshacerme de ellos … Pensé que la git checkout -- . o git reset --hard funcionaría, pero tan pronto como ejecuto el git status nuevamente, todos los files han sido modificados nuevamente.

Desde entonces, eliminé tmux, reinicié mi computadora, volví a clonar por completo el repository, etc. y nada lo solucionó … ¡No tengo idea de qué diablos está cambiando todos mis files! Sé que algunas personas dicen simplemente usar git config core.filemode false para decirle a git que no mire los cambios, pero eso no es lo que quiero. Mi IIS no funciona con los nuevos permissions de files, así que no puedo ignorarlos y seguir adelante …

¿Algunas ideas?