Git Merge twigs con una estructura de files diferente

Tengo una pregunta sobre la reestructuración de una estructura de file git y la fusión entre la estructura nueva y la antigua. El 'import_branch' se usa para mover files de origen de otro sistema de control de verion a git. 'new_layout' es una reestructuración del file fuente tres en git.

'import_branch' -> 'new_layout' - app/file1.txt -> - application/file1.txt - fw/file2.txt -> - system/fw/file2.txt 

Que he hecho:

  • comprometido todo en 'import_branch'
  • files copydos a 'new_layout' (limpiar repository).
  • git checkout 'new_layout'
  • aplicación de aplicación git mv
  • git mv fw system / fw

Ahora quiero fusionar los cambios en 'import_branch' a 'new_layout'

  • git checkout 'import_branch'
  • digamos que hay un cambio en la aplicación de file / file1.txt
  • confirmar cambios en 'import_branch'
  • git checkout 'new_layout'
  • git cherry-pick -x (último 'import_branch' commit SHA)

esto funciona, los cambios en 'app / file1.txt' se combinan en 'application / file1.txt'

Pregunta

Sin embargo, si agrego un nuevo file en 'import_branch', diga: 'fw / file3.txt' esto se convertirá en 'fw / file3.txt' en la twig 'new_layout' y no 'system / fw / file3.txt'. El enlace a la nueva estructura de files no se guarda.

¿Cómo dejar que git realice un seguimiento de la estructura de file anterior frente a la nueva durante las fusiones?

Gracias por adelantado