git merge falla al rechazar perder un file sin seguimiento

Estoy intentando fusionar un repository en el maestro. Estoy teniendo el siguiente error.

error: refusing to lose untracked file at 'config/database.yml' 

estado de git me da

 deleted by us: config/database.yml 

¿Cómo puedo resolver eso?

Según lo que describes, el file database.yml ya no debería estar en tu repository.

Realice git rm --cached config/database.yml para eliminarlo de Git, luego intente su fusión una vez más.