GIT – el mismo directory pero diferente sistema operativo que se comporta extraño

Tengo un proyecto web (php, javascript) que desarrollé en Windows 8 OS y está en el repository de git (bit bucket). Ahora me cambié a ubuntu 13.04 (arranque dual) y uso el mismo directory para el desarrollo (asignando la carpeta htdocs en httpd.conf en lampp) en lugar de crear un nuevo directory. Ahora he creado otra key SSH, la he añadido. Pero si uso 'git status', se muestra que tengo que agregar, confirmar y enviar files completos del proyecto (en estado modificado), aunque no es porque estos files ya están en el repository git que hice desde Windows. Estoy confundido. ¿Alguien puede ayudarme?

Querrá leer este artículo: https://help.github.com/articles/dealing-with-line-endings

Fondo: Windows usa un carácter de finalización de línea diferente a Unix y Mac. Esta es una fuente constante de aflicción y dolor para el desarrollo de software multiplataforma. A veces, git "arregla" los finales de línea. Esto se puede configurar usando las instrucciones en el artículo anterior. Git sabrá entonces que los cambios en las terminaciones de línea no significan que el file haya cambiado.

A veces, su IDE nota "oh, las terminaciones de línea son incorrectas para esta plataforma" y las corrige. Como esto sucede sin que Git lo sepa, verá que "alguien ha cambiado muchos files".

Una buena forma de determinar qué está pasando es usar una poderosa herramienta de diferencia como kdiff3 . Le dirá cosas como "Los files de text son idénticos, excepto los finales de línea" o puede ver el modo de línea DOS vs. Unix cerca del nombre del file cuando compara files. Vea esta pregunta sobre cómo configurar Git para usar kdiff3: Usando kdiff3 para editar diffs con git