git: control de versión independiente en el subdirectory?

Tengo un proyecto que está bajo control de versión git. Todo funciona sin problemas.

También tengo el directory "buildtool" que tiene algunos guiones para probar, implementar y configurar.

En algún momento mientras cambio de twig, ¿quiero que ese directory sea el último y también quiero que esté bajo control de versión?

¿Cómo logro eso?

+1 para los submodules (por encima de Adrian Cornish por primera sugerencia) Técnicamente tiene dos proyectos diferentes que tienen acoplamiento flexible, pero no un acoplamiento de código fuente real. Comience poniéndolos en repositorys separados. Luego, déjalos completamente separados o use el submodule para vincular el contenido de compilation con el contenido de origen.