Git con windows 10 ubuntu (linux) -bash

Ayer instalé Bash en Windows 10 (que básicamente es terminal de Linux Ubuntu), modifiqué mi terminal con Hyperterminal y algunas herramientas personalizadas para get una buena "interfaz de control de versiones" que podría usar en mi carpeta de git para enviar y enviar cosas.

Hasta este punto todo funciona perfectamente, sin embargo, cuando ingresé

git status 

Algunos de los files deben agregarse al seguimiento. En el símbolo del sistema de Windows (git bash) estaba escrito "Su twig está actualizada" sin nada que confirmar, pero en el lado de Linux, necesitaba rastrear algunos files. Sospeché alguna incompatibilidad o error debido a git-windows VS git-linux. Miré el diff para intentar entender qué pasaba, pero todo el file era verde, básicamente reescribía todo de abajo hacia arriba. Mi pieza de software sigue siendo la misma, pero es como si el git de Linux quisiera actualizar los files por alguna incompatibilidad que realmente no entiendo. Como usaré Sourcetree y Atom (desde Windows) para codificar pero la terminal bash de Linux para operar el git, estoy un poco preocupado de que estoy tratando de dividir por 0 o romper la ley del universo de alguna manera eso no es aparente en este momento, pero podría / podría / estropearía mi código / cabecera / versión / log en el futuro cercano?

Como puede ver, este problema es difícil de express de manera concisa en google. ¡Así que por eso vine aquí, gracias de antemano por su amable respuesta y paciencia!