Git – Cómo eliminar una de las dos carpetas con el mismo nombre en el repository remoto

Tengo un repository en github con dos carpetas con el mismo nombre pero diferente contenido. Me gustaría eliminar una de estas carpetas. El problema es que si incluyo los datos en el repository localmente, solo hay una carpeta (con el contenido que me gustaría conservar).

Obviamente, algo salió mal en un compromiso anterior.

¿Alguna idea de cómo elimino una de estas carpetas sin eliminar la otra?

es que si incluyo los datos en el repository localmente, solo hay una carpeta (con el contenido que me gustaría conservar).

Entonces es posible que un estado de git te muestre el segundo, eliminado.
O que su sistema operativo no pudo cargarlo, porque no distingue entre mayúsculas y minúsculas

Registra esa eliminación en el índice, confirma y pulsa:

git rm --cached -r secondFolder/ git add -A . git commit -m "delete folder" git push