Git administra un website con contenido cambiante

Desarrollo un website alojado en un server dedicado. El sitio funciona bajo PHP, hay algunos CMS auto-escritos que permiten, en particular, editar los files en DocumentRoot (por ejemplo, templates y configuraciones). Ahora me gustaría administrar este sitio usando Git. Creé un repository simple en el server y configuré un enganche posterior a la recepción que copy los files enviados a DocumentRoot. El problema es que las templates y las configuraciones mencionadas anteriormente también pueden ser editadas por CMS y mis impulsos pueden sobrescribir estos cambios.

¿Cómo configuro Git y los repositorys locales y / o remotos para insert mis ediciones locales en el sitio de forma segura?