Git add no funciona para files modificados y rastreados. Sin submodule, sin .gitignore

Soy un nuevo usuario de Git y he buscado para resolver este problema, pero ninguna solución ha funcionado.

Modifiqué algunos files en un directory que se está rastreando (comprobado usando git ls-remote ). Al intentar agregar y comprometer, nada está sucediendo. He intentado:

git add <dir> luego el git status , pero solo informa que hay files sin seguimiento (no el directory que quiero agregar, pero los que no): nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track) .

Las únicas soluciones que he encontrado hablan de submodules, que no estoy usando, y el uso de variaciones del command: git commit -am <dir> o git commit -a -m <dir> , ninguno de los cuales funcionó.

No tengo un file .gitignore pero estaba usando un file de salida dispersa. Lo renombré temporalmente para ver si estaba causando el problema, a pesar de que el directory en cuestión figuraba en él, pero no cambió nada.

No estoy seguro de qué probar a continuación y no entiendo por qué no se recogen los cambios. Cualquier sugerencia sería muy apreciada.