git add / commit borrar y no solo ignorar .gitignore file ignorado

Probé lo que sugería una pregunta previa de Stackoverflow sobre cómo ignorar files: Ignorar los files que ya han sido enviados a un repository de Git

lo que se sugirió:

git rm -r --cached . 

el command que estoy usando:

 git rm -r --cached application/config/config.php //i only want to ignore this one file 

Desafortunadamente, cuando lo hago, git add. y luego git commit mi config.php se elimina del repository y no solo se ignora.

Tengo un file .gitignore en mi directory raíz y contiene el siguiente elemento de la list:

 application/config/config.php 

¿Podría alguien ayudarme a entender por qué este file config.php se está borrando y simplemente no se ignora?

esto es lo que muestra mi estado de git:

 $ git status # On branch master # Changes not staged for commit: # (use "git add <file>..." to update what will be committed) # (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory) # # modified: .gitignore # modified: application/config/config.php # no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a") 

gracias,

tim