Fusionando dos twigs donde la estructura del directory ha cambiado

Tengo una base de código donde la estructura del directory cambió (actualización del marco). Creé una twig de upgrade fuera de master .

Al realizar y probar estas actualizaciones, se introdujeron más cambios en la twig master .

Ahora necesito fusionar los cambios en la twig master en la upgrade y hacer que la upgrade la twig pnetworkingeterminada ( master ).

Corrí:

 git fetch upstream git checkout upgrade git pull upstream upgrade git merge upstream/master 

En su mayor parte, esto sorprendentemente funcionó. Sin embargo, debido al cambio de directory, varios files se muestran como eliminados por nosotros, que tenían modificaciones en el master .

¿Hay alguna manera, salvo copyr los cambios a mano, de que git pueda detener las modificaciones antes de marcar estos files para su eliminación?