Extraño comportamiento con los proyectos de Git y Visual Studio 2012

Parece que en algún punto del time durante los commits o pulls ese git me está dando problemas con mis files csproj. Puedo estar equivocado, pero parece ser un problema. Después de algunos commits y pulls, VS 2012 mostrará los files duplicates en el explorador de soluciones:

enter image description here

Resulta que mi file csproj inicial incluye todos mis files aquí:

<ItemGroup> <Compile Include=".\**\*.cs" /> 

Sin embargo, cada vez que agrego files o commit / pull, VS2012 agrega una línea para cada file en el proyecto.

¿Cómo evito este problema?

¡Gracias!