Error fatal en Git: inputs de etapa múltiple para file combinado

Estoy trabajando en un proyecto de producción de mi empresa. Previamente creé un alijo con algunos cambios. Luego, cuando traté de aplicar mi escondite, creó conflicto. Traté de restablecer todos los cambios de Visula Studio haciendo clic en deshacer en cada file. Luego, cuando traté de mostrar el estado de git bash, recibí el siguiente post de error.

fatal: multiple stage entries for merged file 'Server/InternalService/Web.config' 

Conozco las soluciones de esta pregunta , pero como estoy trabajando en un proyecto de producción, no puedo eliminar mi file de índice git y volver a comprometer todo. ¿Hay alguna solución mejor?

Estoy usando git version 2.10.1.windows.1 y Visual Studio 2013