Error de compilation de App Harbor "No se pudo elegir un solo file de solución"

Tengo un repository de GitHub con más de una solución (una para AppHarbor y otra para Windows Azure, aplicaciones independientes pero interdependientes).

¿Cómo puedo presionar a AppHarbor e identificar qué SLN es "primario" o "seleccionado" con respecto a AppHarbor?

Quiero presionar para apphb y hacer que use el GC correcto e ignorar el otro.

Se puede hacer esto?

Actualizado:

El error de compilation en AppHb es:

Error de compilation: no se pudo elegir un solo file de solución para comstackr. Encontrado: \ GlennApp \ GlennApp.sln y \ GlennAppAzure \ GlennAppAzure.sln