Eliminando frameworks del proyecto Xcode ahora que están siendo administrados por Cocoapods

Acabo de agregar Cocoapods a mi proyecto xcode. Seguí todas las instrucciones y todos mis frameworks se instalaron perfectamente. Sin embargo, ahora tengo duplicates. Tengo frameworks en mi directory de Pods , y estos mismos frameworks todavía están en el grupo Frameworks mi proyecto.

¿Cuál sería la forma correcta de eliminar estos duplicates? ¿Debo eliminarlos del grupo de Frameworks ? ¿Debería eliminar el grupo Frameworks completo?

Si los elimino, ¿cómo puedo vincular correctamente los nuevos en el directory de Pods para que el comstackdor sepa dónde está su nueva location?

Además, si elimino los duplicates, ¿creará conflictos cuando intente realizar estos cambios en el repository GitHub de mi proyecto?