El uso de Git a través de la command-line tiene errores, pero bash funciona bien?

Estamos tratando de modificar el script de compilation de NANT para extraer los cambios de nuestro repository de Git remoto y luego publicarlo desde un repository local en el server de compilation. Mientras probaba los commands que necesitaría ejecutar, descubrí que usar Git.exe directamente parece ser problemático.

Puedo hacer una búsqueda a través de la command-line de Windows y actualiza correctamente las twigs remotas para apuntar a una revisión más nueva que mis sucursales locales. Sin embargo, cuando bash fusionar esos cambios remotos en la sucursal local, afirma que he realizado cambios no confirmados y no me dejaré fusionar. Si ejecuto "estado", me dice que no tengo cambios y que está listo para ser fusionado con la twig remota.

Si me cambio al Git Bash normal, funciona bien. Puedo search y fusionar todo el día sin problemas extraños sobre misteriosos cambios no confirmados que no puedo ver. A continuación se muestra un screencast que me muestra cómo seguir los pasos para reproducir el problema.

http://screencast.com/t/T6BKbxHeN

Cualquier ayuda es muy apreciada.

Debe especificar el tree de trabajo al realizar la fusión:

 git --git-dir=c:\code\klas\.git --work-tree=c:\code\klas merge origin/master 

Editar: Acabo de notar que Charles Bailey lo mencionó en un comentario y me aseguro de que no estaba tratando de matar al robo 🙂