El post de raíz detectada de VCS no registrado vuelve a aparecer

Mi proyecto de Android Studio está bajo el control de VCS (git), pero (casi) cada vez que vuelvo a abrir el proyecto, aparece el post. Presiono Agregar raíz (o configurar y elegir raíz no registrada). VCS funciona bien para la session, pero tendré que agregar Root la próxima vez que se abra el proyecto.

Esto no es lo mismo que Android Studio: raíz de VCS no registrada detectada

En ese caso, fue una configuration única.

¿Cómo puedo hacer que mi configuration persista?

Estoy usando Android Studio 1.5.1 en Ubuntu 15.04. gitk y git gui muestran todo para ser bueno.