el estado de git en el mismo repository da diferentes resultados en 2 computadoras

Este realmente está jugando conmigo. He copydo el repository dos máquinas y verificado que es idéntico en ambos. Una máquina ejecuta Windows 7 y una ejecuta Windows 8.1. git status en ambas máquinas a través del terminal Git bash y veo una gran diferencia en los cambios no realizados. Los progtwigs de GIT GUI como TortoiseGit muestran lo mismo. Ambas máquinas están en Git 1.9.4, lo último para Windows. Ambas máquinas tienen exactamente la misma configuration de Git: global y todo. ¿Qué podría estar pasando?