El cambio de twig de Visual Studio y GIT causa un error c1xx para nuevos files

Tengo 2 twigs de GIT. 1) Master Branch y 2) Dev Branch. Normalmente trabajo en la twig de desarrollo y al final la fusiono en el maestro que se comstack para la compilation de la versión final. Todo es bueno siempre que en la twig Dev no haya nuevos files. .Si agrego una nueva class a la twig Dev, cuando vuelvo a la twig Master e bash comstackr, recibo errores como este:

error C1083: Cannot open source file 'somepath/tosource.cpp': No such file or directory c1xx 

Es extraño porque me aseguré de que no existan físicamente los files en la twig Master. ¿Significa que VS de alguna manera mantiene el historial de estos de la twig de desarrollo? ¿Cómo puedo limpiarlo así que no necesito sincronizar dos twigs cada vez que agregar nuevos files en la twig de desarrollo?