Eclipse ha establecido un directory como derivado y no puedo desactivarlo

Tengo un proyecto django en eclipse, y estoy usando git como repository. Busqué una respuesta en línea y no puedo encontrar ninguna. De repente, descubrí que un directory completo de mis templates se ha marcado como derivado, y parece que los nuevos files en el directory no se están confirmando / enviando al repository. Abrí la window de properties para este directory varias veces, desmarqué la checkbox derivada, hice clic en save y el cambio no se guardó. La próxima vez que abra las properties para este directory, se marcará como derivado. Incluso con files nuevos, recibo la advertencia de que el file se deriva, ¿quiero editarlo? Y los files no aparecen en git. Necesito apagar esto. Todavía está allí cuando reinicio eclipse. Estos son files de plantilla django normales, no se derivan de nada, y los necesito en el proyecto. ¿Qué estoy haciendo mal?

Eclipse Neon versión 4.6.0

Ubuntu 14.04

Gracias de antemano por cualquier ayuda.