Eclipse EGit y git en la command-line muestran un estado diferente

En mi repository de git puedo hacer un estado de git y me dice que todo está actualizado:

[598] : git status # On branch master nothing to commit (working directory clean) 

Si me conecto al repository con EGit y hago una synchronization en Eclipse, obtengo:

enter image description here

De alguna manera, EGit piensa que muchos files se han eliminado y se han relegado con el mismo nombre. Como el estado de git no devuelve nada para confirmar, espero get una window vacía aquí.

Para completar: esto está en OSX 10.7 pero también he visto el mismo problema en Windows 7 Pro.

¿Alguna idea de lo que está pasando aquí?

Está utilizando un carácter que no es de 7 bits aquí (la diéresis o). Lo siento, esto se sabe que causa problemas.

Tienes que recodificar el tree para el nombre de file utf8. Incluso si haces esto, esto no está libre de errores.

Vea esta pregunta para la parte git, y este error para la parte egit.