Combinar repos mientras sobrescribe cambios

Tengo un proyecto ENORME. Me asignaron rehacer la estructura del file para que no volviera loco a nuestros desarrolladores. Todo está en GitHub, así que simplemente bifurqué el proyecto e hice mis cambios.

He terminado, y ahora quiero volver a introducir mis cambios. Sin embargo, algunos de nuestros otros desarrolladores se comprometieron con el repository maestro mientras yo estaba reorganizando. No puedo fusionar, porque los files que cambié se movieron (por lo que Git cree que los borré). Están actualizados, solo en una nueva location.

¿Cómo puedo extraer mi código reorganizado? Mi único pensamiento es eliminar todo el código maestro de mi repository local, y luego copyr el nuevo código y hacer una confirmación desde allí. Sin embargo, esto me parece una mala práctica.

ACTUALIZACIÓN: de acuerdo con esta pregunta, git mv habría ayudado. Sin embargo, todos los cambios de directory ya se han realizado.

Tuvimos el mismo problema hace algunos días.

Aquí está lo que hicimos:

  • fusionar twig principal a nueva twig de características

     git checkout new-branch git merge master 
  • fusionar nuevas características de twig a principal

     git checkout master git merge -s theirs 

La primera combinación es mantener toda la revisión aplicada en la twig principal mientras se desarrolla una nueva twig de características. La segunda combinación con la opción de estrategia (-s) es forzar a mantener los cambios en la twig de nueva característica (eliminamos y cambiamos mucho código).

Puede encontrar más información sobre la fusión en este tema. ¿ Cuándo utilizaría las diferentes estrategias de combinación de git?