¿Cómo verificar el proyecto de pods en el mismo repository que el proyecto principal xcode 7?

Estoy tratando de agregar git a un proyecto de xcode existente. El directory del proyecto contiene el proyecto real y el proyecto generado por cocoapods. Mi directory se ve así.

MyProject - MyProject.xcworkspace - MyProject.xcodeproj - Other project files - podfile - .git - Pods - Alamofire etc - Pods.xcodeproj - .git 

El control de código fuente de Xcode crea automáticamente un repository tanto para MyProject como para Pods. Establecí el mismo repository remoto para ambos proyectos. Cuando bash presionar a mi repository remoto, Pods se inserta con éxito, pero Myproject falla con un error en la línea de errores al confirmar los files, compruebe si tiene permiso para hacerlo. Obviamente tengo permiso ya que Pods está funcionando correctamente. Supongo que el problema es que tengo el proyecto de pods dentro de MyProject. He intentado eliminar manualmente el repository de Pods y simplemente presionar MyProject pero no me deja hacer commits. ¿Cuál es la mejor manera de manejar esto? ¿Debería olvidarme del control de código xcode y usar la línea de command para crear manualmente un repository para todo el directory? ¿Hay algún lugar mejor que pueda mantener mi proyecto Pods en lugar de dentro de MyProject? ¿Puedo forzar a xcode a crear solo un repo? Gracias por cualquier ayuda.

ACTUALIZACIÓN: Ingresé a las preferences de xcode y lo desmarqué y luego volví a comprobar habilitar el control de fuente. Ahora en el menu de control de fuente solo muestra MyProject. Supongo que es porque MyProject ya tenía un repository. Empujando ahora para ver qué pasa. Si se agrega todo el directory MyProject incluyendo Pods, lo llamaré un éxito, sin embargo, creo que la comprobación de cada proyecto en repositorys separados es probablemente la mejor manera de manejarlo.

ACTUALIZACIÓN 2: He intentado numerosas forms de configurarlo a través de xcode. Incluso traté de ignorar el proyecto de pods, pero aún no pude hacerlo funcionar, así que usaré el terminal en su lugar.

Establecí el mismo repository remoto para ambos proyectos.

Este es su error, debe establecer repositorys separados. MyProject carpetas MyProject y Pods no son "versiones diferentes de la misma carpeta", por lo que no deberían compartir un repository.

Además, para reparar su repository actual, intente ejecutar estos commands:

 cd MyProject git rm --cached Pods echo Pods >> .gitignore git add -A git commit 

Una vez que haya hecho eso, vuelva a clonar el pago de su Pods :

 mv Pods /tmp/ git clone <path to remote Pods repo>