¿Cómo realizo cambios drásticos en un repository git sin tener que comenzar de nuevo?

Tengo un problema con uno de mis repositorys git (FYI: soy realmente nuevo en git)

Básicamente me olvidé del repository que había creado para un proyecto, trabajé en el set de files incorrecto (mis copys originales), hice algunos GRANDES cambios y renombré la mayoría de los files.

Ahora que me he dado count de mi error, me preguntaba cómo puedo poner los nuevos files en mi repository, reemplazando los files viejos para no terminar con 2 versiones diferentes de los mismos files con 2 nombres diferentes.

No quería tener que eliminar por completo el repository anterior y volver a crearlo con los nuevos files porque ya lo hice upload a github.

¿Alguien capaz de ofrecer algo de ayuda y / o consejo por favor?

nb: ¿no estaba seguro del mejor sitio de 'Stack' para poner esto, figurado aquí o progtwigción ?!

Entonces tienes un repository R y un directory de trabajo diferente W, en el que has trabajado sin tener ningún control de versión, ¿verdad?

Básicamente, después de asegurarse de que no haya cambios sin compromiso en R, reemplace el pago de R con el contenido de W: elimine el contenido de R, excepto el directory .git y cualquier file .git *, y copie el contenido de W en él, para que los files que permanecieron iguales estén en sus lugares anteriores.

Luego creas una nueva confirmación y la haces upload a github.