¿Cómo obligo a empujar la carpeta del proyecto local (actualizada) a la twig remota de la misma carpeta pero desactualizada?

Estoy usando Eclipse con el plugin eGit, mi problema es: hoy tuve que trabajar en la universidad en un proyecto sin git (descargado como proyecto de Bitbucket), trabajé en él, hice bastantes actualizaciones, alnetworkingedor de 600 nuevas líneas en diferentes files, la fusión manual sería muy mala. Así que ahora tengo una versión fuera de línea (la más nueva) y tengo una versión en línea que es más antigua. ¿Cómo puedo forzar la actualización de la versión en línea con la versión sin connection?

Simplemente puede comprimir el proyecto fuera de línea, descomprimirlo en un tree de trabajo local que vaciar primero.

Git detectará todos los cambios, todos los files agregados o eliminados.
Simplemente:

git add -A git commit -m "new commit" git push. 

Publica (push) una nueva confirmación que representará todos sus cambios.
No se requiere fusión aquí.