Cómo get la carpeta src en la carpeta raíz del proyecto en github al organizar desde eclipse usando egit

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En Eclipse cuando creamos un proyecto, digamos un proyecto de PyDev llamado 'SimpleGit', la estructura de carpetas creada por eclipse será como

EclipseWorkingDirectory / SimpleGit / src /
¿correcto?

Si agregamos esto a git usando Egit, onclick derecho en la carpeta del proyecto SimpleGit, Team> Share, la estructura de la carpeta en la que se forma el repo como este

Carpeta principal / SimpleGit / .git

Carpeta principal / SimpleGit / SimpleGit / src /

Y cuando lo organizamos en github remoto todo quedará bajo

Nombre de usuario / SimpleGit / SimpleGit / src /

Entonces, cuando miramos en GitHub en la carpeta del proyecto raíz (Nombre de usuario / SimpleGit) no podemos ver la carpeta de origen. Estará bajo otra carpeta 'SimpleGit'. ¿Cómo podemos evitar esto? Lo que quiero es que desee get mi fuente forlder (src) enumerada en el directory raíz del proyecto, cuando se realiza desde un proyecto ya construido en eclipse utilizando egit. ¿Cómo hago esto?

Quiero esto: https://github.com/nicholasbishop/blender

No es así: https://github.com/afilash/SimpleGit

no se puede hacer usando eGit: asume la estructura del proyecto Eclipse.

Pero se puede lograr mediante el uso de git en sí . Simplemente crea un repository en la carpeta SimpleGit ejecutando 'git init'. A partir de ese momento, tendrás que administrar tu repository de git ya sea por git (línea de command) o por otra UI. SourceTree funciona muy bien para mí.