¿Cómo eliminar todos los files git existentes para que pueda renovar mi propio repository sin que se produzca un error fatal?

Tengo un clon git de un proyecto C, y en eso tengo mis propios modules personalizados, después de la modificación final, quiero hacer mi propio repository estable como copy de security en github. Entonces, cuando bash agregar lo siguiente, falla, porque en el directory secundario hay muchos .git o .gitignore existen:

Ejemplo:

$ ls -a /var/tmp/me << main project /var/tmp/me/folder/main.c /var/tmp/me/folder/main.h /var/tmp/me/folder/etcetc.c /var/tmp/me/folder/.gitignore /var/tmp/me/folder/.git /var/tmp/me/another/.git /var/tmp/me/another/.gitignore $ sudo git remote add origin git@github.com:me/my.git fatal: Not a git repository (or any of the parent directories): .git 

¿Cómo elimino todos los indicadores de repository de git anteriores? ¿Para que pueda aplicar el origen del complemento remoto git?

Creo que puedes probar

 git submodule add git@github.com:me/submodule.git