¿Cómo desarrollar un proyecto basado en el proyecto GitHub?

Me gustaría comenzar a desarrollar la aplicación angular basada en angular seed project de Github. No sé cómo resolver algunos escenarios.

Tengo un proyecto existente en Git con una parte de back-end y me gustaría integrar Angular.

La estructura del proyecto:

 | - backend/ - frontend(angular-seed-project)/ | -app/ -other files 

Cómo retener el angular-seed-project actualizado, extraiga todas las correcciones de errores del proyecto de semilla angular junto con la aplicación angular propia del desarrollo.

¿Puedo tener diferentes git config url en la raíz de angular-seed-project y diferentes url en la app/ carpeta? ¿O es mejor hacer una extracción inicial de mi proyecto de git y corregir los errores manualmente?