¿Bitbucket twig o repository o carpetas?

Quiero almacenar las configuraciones de un set de 50 serveres desplegados en el campo. Estas configuraciones son como (/etc/my.cnf, /etc/httpd/conf/httpd.conf, etc.). Imagine que hay alnetworkingedor de 100 files diferentes de los que quiero hacer un seguimiento (para cada server). Además, imagine que habrá algunos cambios en las configuraciones entre los serveres (por alguna razón, no puedo mantener una versión para todos los serveres).

Yo uso la count de bitbucket.org. Quiero saber la mejor manera de organizar los files …

A) Como carpetas separadas para cada server en un único repository :
Me gusta,

bitbucket.org/path/repository/server001/file1 to file100 bitbucket.org/path/repository/server002/file1 to file100 bitbucket.org/path/repository/server100/file1 to file100 

Recuerde 'server001' y los Me gusta son todas las carpetas. En el server número 2, no necesito las carpetas de 'server001'. Cuando hago la clonación, obtengo todas las carpetas en el repository (a less que me enseñes a clonar carpetas específicas). A medida que los serveres aumentan, esto aumenta la complejidad.

B) Cada server como un repository separado :
Me gusta,

 bitbucket.org/path/server-001-repository/folders_here bitbucket.org/path/server-002-repository/folders_here 

Con esto, puedo recuperar files solo desde un repository específico en un server específico.

C) Cada server como una sucursal :
Me gusta,

server-001 es una twig en un set de files de configuration
server-002 es una twig en el mismo set de files de configuration

Todavía tengo que crear todos los repositorys / carpetas / files.

Tus aportaciones definitivamente me ayudarán.